学校建有“现代审计发展研究中心”“金融风险管理研究中心”“政府审计与区域治理法治化研究院”“江苏劳动法治研究基地”和“江苏科技金融体系创新研究基地”等江苏省高校哲学社会科学研究基地5个,“公共工程审计”“审计信息工程”“金融工程”和“江苏省审计大数据工程”等省级重点实验室4个。《审计与经济研究》为CSSCI来源期刊,《南京审计大学学报》为CSSCI来源期刊(扩展版)。近五年来,学校主持包括国家社科基金重大招标项目在内的国家社科基金、国家自科基金项目169项,省部级科研项目200项;参与了审计署重要政策和法律法规建设工作以及审计学科建设等重大理论课题的攻关;在Journal of Econometrics、《经济研究》等权威期刊发表论文207篇,在CSSCI/CSCD以上刊物发表论文1100篇,出版学术专着100余部;获得包括教育部高等学校科学研究优秀成果奖(人文社科)一等奖和江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖在内的省部级以上科研成果奖40项。