长期以来,学校充分发挥学科优势,坚持自主创新,积极推动产学研结合,在科学研究、科技创新、科技成果转化等方面取得了显着成绩。学校现有“机电产品包装生物质材料国家地方联合工程研究中心”国家级工程中心1个、“林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室”、“江苏省人民政府与国家林业和草原局共建的林产化学与材料国际创新高地”、“银杏产业”等10个国家级创新联盟、 “江苏省观赏主题木本花卉产业技术创新战略联盟”、 “江苏省速生木材及农作物秸秆材料工程研究中心”、“江苏省南方现代林业协同创新中心”、“国家林业局南方林木种子检验中心”等50余个省、部级研究开发机构、重点实验室和工程研究中心,有66个校级研究所和研究中心。学校每年在研课题1000多项,近年来,承担包括“973”、“863”、国家科技支撑项目、“948”项目、国家重点研发计划和部、省重点项目累计800余项,国家自然科学基金累计720余项,国家社科基金累计31项。通过鉴定的科研成果及授权发明专利2000余项,有380余项成果获国家、部省级以上奖励,其中,国家发明一等奖1项,二等奖2项,三、四等奖各1项;国家自然科学奖二等奖1项;国家科技进步一等奖5项,二、三等奖49项;部、省级奖励300余项。学校主办公开发行的学术刊物有《南京林业大学学报(自然科学版)》、《南京林业大学学报(人文社会科学版)》、《林业工程学报》和《室内设计与装修》,以及以双一流学科为支撑的英文刊《Journal of Bioresources and Bioproducts》(JB&B)等。其中《南京林业大学学报(自然科学版)》和《林业工程学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊、CSCD和SCD核心期刊,《南京林业大学学报(人文社会科学版)》为SCD核心期刊,《室内设计与装修》为中国科技核心期刊;英文刊被多个国际数据库收录,《南京林业大学学报(自然科学版)》入选2017—2020“中国精品科技期刊(F5000来源刊)”。